郭明良記者會一開始就鞠躬向學術界及社會大眾道歉，也坦然接受台大倫理委員會、司法、政風單位調查。他在接受媒體提問時還一度情緒激動，哽咽地說：「我現在是無業的，本來以為家庭經濟可以開始好轉，但現在家庭經濟也是陷入困境。」
對於為何案發後40天才出面，郭明良表示，這段時間他並未神隱，一直積極地處理論文的事情，也準備資料繳交給校方的倫理調查委員會，但因媒體報導對他的抹黑、不實指控越來越多，且造成他與家人、同窗好友名譽陪葬，因此他決定出來說清楚。
郭明良指出，查詩婷的論文造假風波在11月10日被台灣媒體報導，他的實驗室在10月20日就已經發現查論文中圖片刊登錯誤情況，但因查當時已不在他的研究團隊，向查詩婷查證時，查稱是誤用圖片，因此他在10月26日寫信給刊登論文的期刊要求更正，相關書信往返都有紀錄，也都送交倫理委員會。
後來11月2日匿名網站「Pubpeer」揭露該論文有瑕疵，郭明良再次詢問查詩婷，但查仍說是不小心重複使用，那時他半信半疑，但還是寫信詢問期刊的雜誌社查證進度，11月6日他再次致電給查詩婷表示要撤稿，當時查口氣支吾，因此他便發信給期刊要求撤稿。
郭明良說，11月9日，查詩婷默認論文造假，因此直接向台大請辭，隔天也向校方承認錯誤，查的聲明稿已在台大主秘室。隔天台灣媒體正式披露該案，「11月10日前，我們做了非常多的事情」。
案發後，郭明良說，11月11日他就因督導缺失口頭請辭，因台大校方希望他不要有任何對外的意見表達，希望能統一口徑，因此他並未對外說明。他強調，案發前實驗室已經主動發現問題，甚至主動提出撤回，「我們實驗室是非常負責任的實驗室」。
至於造假論文風波雪球越滾越大，郭明良澄清，目前被Pubpeer指稱涉嫌的很多篇論文，經過真正學術認證、檢查後，屬於該團隊的論文117篇中，除了查詩婷那篇，還有另一篇2008年發表的論文，目前僅有2篇違反學術倫理撤回，「這是集體造假嗎？」
郭明良還氣憤地說，他拒絕把集體造假的污名冠在他的實驗團隊上，「我收了很多碩士班、博士班、博士後研究，如果你們要把這些人都當成詐騙集團，等於是污衊99％學生的努力！」
至於上週《壹週刊》爆料指他收取台大醫院婦產部主治醫師嚴孟祿金錢，涉嫌買賣論文。郭明良感嘆：「這是最讓我內心深處最痛苦的一件事情。」他解釋，嚴是他的摯友，40年前台南一中的同班同學，兩人情同兄弟。因為他年幼時家境清寒，靠半工半讀才完成高中學業，大學也都靠助學貸款，即使他進了台大任教，也一直到升副教授後才把助學貸款還清。
郭明良說，因為他娶妻生子後到處搬家，萌生買房念頭，2000年買房後，因利息非常高，承擔很大經濟壓力，當時嚴孟祿在台大和他常碰面，聊到經濟狀況，嚴表示其經濟狀況較寬裕，因此願意無息借款給他，2002年起嚴開始貸款給他。
對週刊爆料，郭明良認為，他與嚴往返票據是被有心人侵入電腦散播，以不當連結說他和嚴買賣Paper，但嚴2003年至今論文共26篇，他掛名的有8篇，週刊報導說嚴的論文要拿來升等，但這8篇中只有2篇他是貢獻度較大的通訊作者，分別在2005年和2011年發表，且嚴升等並未拿這2篇去申請升等，「這怎麼會有對價關係、金錢交易呢？」
郭明良激動地說，他今天就是要嚴厲地駁斥這樣的指控、抹黑，他對嚴孟祿非常抱歉，居然讓這麼好的朋友遭到抹黑、人格謀殺，所以他的情緒「非常非常的痛苦！」
對論文造假案也讓台大校長楊泮池也捲入，郭明良表示，楊是臨床醫師，他從事基礎科學研究，全世界都希望臨床與基礎科學能合作，「我們是互補的作用」。他也坦言，案發之初因需要處理倫理委員會的資料，需要共同作者的簽名與說明，因此曾與楊接觸，但到了上月底，他身心俱疲，就沒再聯繫。
至於對台大校譽、生醫學術界造成的傷害，郭明良說，這事情本身「是個案的」，如果從科學角度批判，不至於對科學界、生醫界有太大影響。
陪同開記者會的邱議瑩表示，感覺本案是追殺郭明良教授團隊及台大校長楊泮池，既然郭負起最大責任，也決定面對社會大眾說清楚，期待媒體能給予平衡公正的報導。