早在3年前，民進黨市議員阮昭雄等人就曾召開記者會質疑領航基金會的資金有問題，阮昭雄當時火力四射，抨擊蔡正元以領航基金會名義，向中央機關及國營事業申請補助，每次金額1萬元到5萬元。
阮昭雄當時質疑，蔡正元擔任領航基金會董事長，基金會的連絡電話和成員都與立法院辦公室一樣。此外，基金會宗旨以輔導青年為名，以各種活動名目申請中央機關補助，如「中秋傳愛關懷弱勢老人暨節約能源活動」、「中秋傳愛關懷弱勢老人暨愛護河川活動」等，同份企劃書，換個名稱卻又向不同單位申請補助，活動內容卻是辦自助餐聯誼。
蔡正元當時對外解釋，「這是對所有慈善團體公開的小金庫，這個金庫太小」，基金會活動宗旨是協助年輕人推展公益、慈善及藝文活動，因此若有未滿40歲的年輕人要舉辦關懷老人或慈善活動，基金會也都願意支持。
至於被質疑同批人馬、2個辦公地址，蔡正元也說，基金會成員包括國會助理，因為聯絡上比較方便，基金會這些年來舉辦許多公益活動，包含探訪老人院、孤兒院及團膳活動等，至於地方志工在基金會運作，不需要到立院辦公室上班。
