理由1
外界質疑：教育部「拔管」有侵害大學自治之虞，管中閔也強調，大學自治不應被侵害。
教育部說法：教育部對國立大學校長有直接聘任權，得就校長人選適法性審查與監督，以決定是否同意聘任，無侵害大學自治疑慮。
憑據：根據憲法第162條、大學法第3條及大學法第9條規定，教育部有審查、監督權限，另司法院釋字第563號解釋大學自治指的是教學、研究與學習之學術事項享有自治權，而校長遴選涉及組織性事項，非大學自治核心領域。
理由2
外界質疑：管中閔擔任台哥大獨立董事，與遴選委員蔡明興之間有利害關係，卻未揭露。
教育部說法：管中閔與遴選委員蔡明興間具有特殊利害關係，竟未將相關事實與資料提供遴選委員會審酌，對其他推薦人形成不公平競爭。
憑據：管中閔於106年6月14日出任台灣大哥大股份有限公司獨立董事、審計委員會委員及薪資報酬委員會委員，這是除了一般董事之外，還具有監督董事會運作及核定一般董事薪酬的任務，認定與蔡明興之間有特殊的重大利害關係，因此不予同意聘任案。
理由3
外界質疑：管中閔擔任獨立董事時間在台大與台哥大簽署產學合作之前，已違法兼職。
教育部說法：管中閔於台大同意之前、台大與台哥大尚未有產學合作契約之際，就已經兼任台哥大獨立董事、審議委員和薪資報酬委員會委員，違反法令事實明確，不予以聘任。
憑據：依照教育人員任用條例第34條規定，專任教育人員除法令有規定外，不得在外兼課或兼職。但經查管中閔在台大同意之前、台大與台哥大尚未有產學合作契約之際，就已經先擔任台哥大獨董，此外，台大說明意見指出，會有這樣的狀況都是因為行政流程時間落差，造成同意日與兼職日有落差，並不可採納，所以認定違反法令。
資料來源：教育部跨部會諮詢小組法律研析意見
