監院彈劾案由指出，吳茂昆於104年8月18日向美國加州州務卿申請設立為美國師沛恩有限責任公司，並於同年9月2日經核准設立，其為該公司執行業務股東，負有管理權限，並實際參與公司委託申請專利事務，該公司資本總額為1,000美元，其應出資200美元，占總資本之20%，違反公務員服務法第13條第1項規定。
監院書面資料指出，吳茂昆未經國立東華大學授權或同意，以校長名義於104年8月25日將該校綬草醫藥應用專利之美國臨時申請案（US62/106,177）及我國專利申請案（TW104107161）讓與其當時為執行業務股東而為負責人之美國師沛恩公司，並於同年9月2日以該公司名義提出專利合作條約國際申請案，侵害東華大學之專利權。
監院表示，吳茂昆申請該校就美國發明專利申請勞務採購案動支經費新臺幣80萬元，並由其本人親自核准，致使東華大學因不知其係以公司名義申請而於105年3月15日匯款新台幣76萬6,952元（23,340美元）予WSGR專利事務所，已違反公務員服務法第6條及公職人員利益衝突迴避法第6條、第7條等有關公職人員知有利益衝突之情事者應即自行迴避及不得假借職務上之權力、機會或方法圖其本人或關係人之利益等規定，違失行為事證明確，情節重大，爰依法提案彈劾。
