進入最後決賽的20名成員分為2組，表演韓文歌曲〈We Together〉，該曲由NU'EST成員白虎譜曲，白虎也是上季節目參賽者。日文歌曲〈會喜歡上你吧〉則由AKB製作人秋元康親自打造。經過100天節目的培訓與考驗，20名參賽者皆拿出自己最好的表現。她們並一起合唱抒情歌曲〈作夢的時候〉，歌詞講到友情感人的部份，讓HKT48成員宮脇咲良、權恩菲等人隨歌曲落淚，而在台下觀賞的「I.O.I」有情、世正等人也隨之淚崩，哭成一團。
《PRODUCE 48》因為有練習生的年齡尚未成年，電視台依法令規定提前在韓國時間晚上8點開始舉行，練習生的父母家人也到現場舉起應援手幅為她們加油。宣布一、二名時以「一位候補」方式公布，HKT48宮脇咲良與張元英從節目開播歌曲〈PICK ME〉即搏得眾人眼球，宮脇咲良為C位中心，而年僅15歲的張元英以甜美笑容與WINK讓大家留下深刻印象。最終由張元英奪得冠軍，將擔任IZONE團裡C位擔當，她落淚表示總決賽當天是她的15歲生日，感謝國民製作人的支持。
從節目開播即一直是焦點的宮脇咲良獲得第二名，跌破不少粉絲眼鏡，因為之前數次網路投票與現場投票中，宮脇咲良都位居前幾名。而且之前投票結果顯示，日本練習生在準12名均占多數，但《PRODUCE 48》總決賽結果出爐，日本練習生只有HKT48宮脇咲良、HKT48矢吹奈子，與AKB48 Team8本田仁美，其他都是韓國練習生。
這屆《PRODUCE 48》以日韓練習生為號召，尤其日本有拿下第10屆AKB48人氣總冠軍的SKE48松井珠里奈與第3名的宮脇咲良2大強咖助陣，而松井珠里奈後來因健康因素暫停演藝活動，退出節目也炒了一波話題。只是節目有話題性卻沒有帶動人氣，本屆總決賽直播時收到的簡訊總投票數為445萬2,079票，張元英以33萬8,366票拿下冠軍，這個最高票數在第2季《PRODUCE 101》竟只能排到與第20名的NU'EST崔珉起平起平坐，讓人不禁懷疑，選秀節目是否已漸漸退燒。
張元英、宮脇咲良、曹柔理、崔藝娜、安宥真、矢吹奈子、權恩菲、姜惠元、本田仁美、 金彩元、金珉周及李彩燕這12位練習生，將以「IZONE」團體出道，取「12 ONE」，12人為一體的意義。限定活動時間為2年半，不過成員若有原本所屬團體，將可同時進行演藝活動，所以AKB48的粉絲們將可繼續支持她們在日本的活動。
