《宗教基本法》草案上，第十條聖俗分離原則指出「法院就有關宗教法人或其他宗教團體之信仰、教制、傳統等教務事項，不得調解與干涉；亦不得干涉其組織與人事任免」，法院不得干涉宗教人事，也不可居中調解。
第十三條宗教自主權則明言，「民法及其他法律有關公益社團及財團法人之主管機關監督、管理規定，不適用於宗教法人或其他宗教團體」且「宗教活動為各宗教自主事項，悉依其教制或傳統定之。前項宗教活動，除違反第十一條第二項規定外，毋需事前經主管機關許可，各級政府機關亦不得禁止或限制之。」意味宗教不受民法、財團法人等法令監督，若要舉辦活動也不用事先申請。
台北大學犯罪學研究所助理教授沈伯洋則在臉書上表示，他現在在做的事情，是將議員的政治獻金透明化，把金流劃出來，讓選民自行判斷，但宗教基本法一推，什麼都不用做了。
他表示，任何研究白領犯罪的人都知道這絕對是個大黑洞，要保障宗教自由有千千百百種方法，推這種法律的目的絕不是如此，當法律制度不能夠好好規範人民團體的時候，我看五大弊案變成五大建案的未來也不遠了。
在用地權方面，第二十七條指出，「若是宗教建築物占用公家土地，也可以要求政府轉售或出租，不受土地法限制」，「若不合適，政府還需另選址給宗教團體作為建築用地；且宗教團體的建築物還不受建築法限制」遭質疑若是宗教建築物是違建，政府也無法可管。
時代力量黨團今舉辦記者會，黨主席黃國昌指出，以之前被作為五星旗基地的彰化縣碧雲禪寺為例，若是依宗教基本法規定，即使碧雲禪寺是違建，國家也只能就地合法，人民和社會能接受這樣的內容嗎？
