監委調查報告指出，《大學法》自2005年修正公立大學校長遴選規定至今，僅有台大今年1月10日函報管中閔當選校長案被教育部退回重新辦理。而教育部今年5月函復台大重新辦理理由指出，公立大學校長遴選作業，依法務部100年7月4日的函釋，未排除《行政程序法》第32條及第33條等迴避規定適用。
然而，監察院諮詢15名法政學者與現任、卸任大學校長等專家，認為大學校長遴選應優先適用「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，不支持教育部見解。監察院認為，教育部對於非其業管法規的《行政程序法》，逕行自行擴張解釋該法主管機關法務部100年7月4日的函釋，顯有違誤。
此外，監察院指出，過去調查陽明大學校長遴選案時，遴委會召集人張鴻仁於2016年6月至2017年12月期間擔任心悅生醫股份有限公司董事，而校長候選人郭旭崧則自2016年9月至2017年12月期間擔任該公司獨立董事，是否導致遴選委員執行職務有偏頗之虞而應迴避？
監察院於今年2月間詢問教育部，教育部卻稱：「《行政程序法》對迴避規定雖設有規定，惟就國立大學校長遴選，應優先適用『國立大學校長遴委會組織及運作辦法』所定之迴避規範」。因此明顯讓陽明大學與台大2校校長遴選相同事實，適用法令不一，而有不同的處理方式。
