檢方深入偵辦後認定，與死者同房的4名重刑犯涉有重嫌，另外2名管理員有疏失，11月1日依傷害致死罪將6人聲請羈押獲准。
10月17日晚間10點，高雄監獄受刑人陳瑞卿的二姊接到監獄來電，告知陳在獄中噎到送醫急救，請家屬到國軍高雄總醫院。家屬趕抵時，陳瑞卿已宣告死亡，陪同送醫的獄方人員推說，當天晚間送藥時，見陳臉色蒼白倒在地上，狀似身體不適，雖立刻量測脈搏、血壓都無異狀，但為保險起見仍將他送醫，不清楚為何會死亡。
不過，急診醫師告訴家屬，陳瑞卿到院時就沒了呼吸心跳，雖然施以急救，但未能救回，因陳在到院前已死亡，醫院無法開立死亡證明。由於法務部近年致力推動獄政人權改革，《監獄行刑法》中特別明訂，在監受刑人死亡須經檢方強制解剖查明死因後，才能開立死亡證明書，法醫因此於陳死後一週進行解剖。
