敗選之夜，黨主席吳敦義帶領一級黨務主管出面總辭，但令人費解的是，他不僅未對敗選結果致歉，反而二度強調自己是對中常會負責，甚至不願表態後續是否接受慰留，間接透露仍未放棄主導黨機器的意志，形同向黨內逼宮人馬開戰，讓黨內提倡世代交替已久的改革派，醞釀掀起新一波權力重組。
1月11日開票當晚，韓國瑜的得票持續落後蔡英文200萬票以上，在難以扳回劣勢下，一群藍營支持者聚集在國民黨中央黨部前，高喊吳敦義下台，要求為敗選負責。
在那之前，吳敦義的座車低調驅進黨中央，不久後黨部1樓的警力開始增加戒備，吳在隨扈的陪同下搭乘電梯直達3樓，召開祕密會議因應選舉結果。
晚間8時40分，韓國瑜在高雄競選總部發表敗選宣言，台下數萬名韓粉哭慘，韓向支持者鞠躬道歉，坦言努力不夠，隨後黯然離開。這時，人在台北中央黨部的吳敦義，隨即帶領一級黨務主管，緩步走入常會大廳，宣布因總統及立委選舉不如預期，將向中常會提出總辭。
不過，他卻意有所指地說：「我們是對中常會負責，中常會是對中央委員會，中央委員會是向全國黨代表大會負責」，並強調：「到底中常會會什麼決定，要下個禮拜（15日）才能夠了解。」未言明不接受慰留，似為他是否續任黨主席留下伏筆，黨內各種揣測隨即出籠，一股山雨欲來的角力戰，已在檯面下悄悄展開。
對於藍營選情的挫敗，事實上黨內早已有所心理準備。知情人士透露，在開票前夕，黨中央曾私下以總統選情勝敗及國會席次過半與否，替吳敦義擬定4套說詞，但在各套說法之間，均未提及敗選要如何負責，意即全權交由吳敦義自行決定；一直到開票當晚，「在中央黨部3樓的那場祕密會議上，部分『保皇派』又提議，只要國會席次增加，吳敦義就不必辭主席」，最後才演變出當晚「欲走還留」的劇本。
該人士說：「吳敦義此舉恐怕是想垂死掙扎，以農曆年後的中常委改選作籌碼，先一步拉攏中常委系統，但成功機率恐怕不高。」因本屆中常委雖屬親吳人馬居多，不過此次大選期間，不少人已從挺吳轉向挺韓，甚至因不分區提名爭議，對吳失望而疏離，僅剩下極少數者因有意爭取連任，多少還是會考慮吳在黨內的影響力，「只不過以往都沒有慰留敗選主席的前例，中常會是否要替吳敦義背書，再和民意背道而馳？這會是很大的壓力。」
