根據《自由時報》報導指出，馬尼拉經濟文化辦事處曾直言，「由於台灣護照持有人出入中港澳皆使用台胞證，菲律賓移民官員無法確認旅客是否出入中港澳」，讓菲律賓政府甚至一度祭出禁台令。
報導稱，王定宇指出，當前國際反恐、防疫的檢測，旅遊史是很重要的資料，政府應思考如何將中國旅遊史資料統合在護照上一併呈現。民進黨立委羅致政說，中國不願將入境戳章蓋在台灣護照上，「問題恐怕不在台灣這邊」。國民黨立委曾銘宗則說，台灣與中國間出入境持有不同護照一事已行之多年，不是現在才這樣，菲國說法恐怕只是推託之詞。
對此，陸委會則回應，國人入出中國的紀錄，護照上雖無法辨識，但入出境管理系統均有保存；是否在護照上註記所有入出境紀錄，涉及領務及入出境實務議題，須通盤研議。
