擔任《英雄的英雄》動畫導演的劉育樹指出，不同過去動畫製作畫好分鏡，便直接進入製作過程，《英雄的英雄》先由演員排戲後畫分鏡，經過動態捕捉後再修改分鏡，最後才進入動畫製作。這種工作模式也讓他面臨不同的挑戰，包括比例、人物與人物間的距離、動捕動作的連接，皆需不斷測試。「譬如擺好鏡頭匯入動作資料後，就不能再改變想法，但動作資料進來後，感受可能會不一樣，有時要看到最後一刻，才能決定鏡頭要多快、多遠？所以我們現在也在訓練自己，在前置就預先想像最後一秒的畫面。」
除動態捕捉技術，《英雄的英雄》亦運用數位特效虛擬場景技術（Matte Painting），讓場景更逼真，同時動畫團隊大量萃取原作漫畫《諸葛四郎》的人物表情建立表情庫，平均每個角色多達50種表情。
劉育樹認為，電影製作前期，最費力的是如何將漫畫轉換為現代人喜歡的造型，片中出現的樓房、道具、布料紋理，設計皆需精準到位。
林于竣掌控故事情節、戲劇節奏，劉育樹主導動畫製作，兩人摒棄本位主義的思考，是合作至今的關鍵。劉育樹強調：「雖然我們有時看到的東西不一樣，比如我在意的是鏡頭張力或連景邏輯性；他在意的是情緒和節奏。但更多時候我們看到的是一樣的，只是著力點不同。」林于竣則認為，動畫與舞台劇雖各有一套SOP，但共同合作再創一套新的SOP，是這次雙導演模式的另一種成果。
