今年以來對於武漢肺炎（亦稱新冠肺炎，COVID-19）的防疫工作，衛福部長陳時中親自擔任疫情中心最高指揮官，積極表現廣受各界肯定。然而近日在針對武漢解封後，滯留當地的國人是否該取消註記開放自由回台，或是依然採取包機整團返回的方式，陳時中卻與行政院長蘇貞昌一度給出不同的答案，不過雙方在溝通後，已經有了共識，陳時中表示，仍須採包機模式，「國家管控上以行政院為主。」
民眾黨針對此事，質疑指揮中心與行政院不同調，出現多頭馬車的情況，「當指揮官與指揮官的長官意見相左時，我們到底應該聽誰的？」同時也表示，面對疫情全面升級，指揮層級也必須提升，建議蘇揆親自指揮防疫工作，增加行政效率。
台灣民眾黨提議由蘇貞昌院長直接指揮防疫工作。
先前有前立委陳學聖也提出類似的論調，表示陳時中的階段性任務已完成，拋出「換掉陳時中」的想法，不過也引發許多民眾激烈反彈，網友們普遍留言認為，現在是防疫的關鍵時刻，不宜陣前換將，還有人在民眾黨的發文底下直呼他們的「建言」看起來讓人「背脊發涼」。
身為民眾黨黨主席的台北市長柯文哲，今早參加「雙北論壇」會後接受媒體採訪，被問到黨中央發出這樣的訊息，被懷疑是不是在做政治鬥爭，問柯對此是否知情，或者是對陳時中的表現有何不滿之處。
柯文哲表示，他昨日看到這則臉書貼文，他有打電話到黨團問這是怎麼回事，在了解到是因為武漢返台包機的問題後，他告訴黨團，如果陳時中與蘇貞昌的意見不一樣，應該是要請他們兩個意見一致，或是討論完再說明就好，「你不能說一道菜你不喜歡，叫人家整個廚房都換掉，我說奇怪，不用這樣啦。」
黨主席與黨團出現不同意見，柯文哲說，他已經向黨團說明了他的看法，笑說：「我們還是要擁護中央政府。」顯示現在防疫期間，尊重政府的決定。
