農委會表示，針對停灌區域稻作每公頃補償14萬元，此補償金額涵蓋農家賺款的105%及農民生產成本，以確保農民生計；至於其他作物，農委會將依作物特性及受影響程度，於一週內完成勘查評估並公布補償措施。
本次補償作業預計於10月17日（星期六）至10月26日（星期一）期間受理農民申請，假日無休。農委會進一步表示，經查對或現勘無誤後，將儘速直接把補償金匯至農民帳戶。此外，為利下期耕作，農委會尊重農民對水稻植株的處理，並呼籲農友依一般收割作業，割除已無收穫價值之稻株，為下次種植預作準備。
欲申辦補償金的農民，請於公告期限內，攜帶並填寫1.身份證或戶口名簿、2.印章或簽名、3.實際耕作證明文件、4.農會或金融機構存摺影本、5.切結書等相關資料，至各管理處工作站申辦停灌補償。各管理處亦會排定時段指派專人到各水利小組受理申請，以減少農民舟車勞頓。
