林明進涉嫌從中國進口成本較低的口罩，混充交給國家徵收實名制口罩之用，詐得徵用款1,068萬餘元；此外他還利用國家隊的名義，向工業局以低價取得重要原料熔噴布，拿來生產自己販售的醫療用口罩，藉此從中賺取價差，獲利約2,339萬元，犯罪所得達3,407萬元。
林明進起初遭檢舉搜查後，向媒體喊冤表示自己是迫不得已，聲稱加入國家隊讓員工沒有時間休息，表示進口中國口罩是為了員工著想，更直喊「以國家隊為恥」，要退出國家隊，還聲稱這些進口的口罩防護率絕對沒有問題。然而事後卻有越來越多證據曝光，還被發現在公司內貼有「發財祕笈」，指稱要在疾病發生時先停止出貨給舊客戶，並高價出給新客戶或末端使用者，再掀輿論熱議。
檢方調查發現，林明進在手機中的筆記和對話紀錄，竟寫道「混帳政權對應方式」「混充進口（違法）」；他和中國廠商在商談進口相關事宜時，對方問「實驗室數據如何？」林明進說「數據不錯，但到客戶那就不行」，廠商也坦言「到客戶那裡不行就是衰減太厲害」；當廠商在談帶夠進口細節時，林明進甚至直言「反正我能交政府，不怕」，證明林明進了解自己所為已經違法，且刻意向政府隱瞞。
士林地檢署今日依《藥事法》未經核准擅自製造醫療器材罪、《刑法》虛偽標記商品原產國罪、詐欺取財罪等罪，起訴林明進與加利科技；另外林明進的特建企業未經許可製造兒童醫用口罩，也被依《藥事法》起訴。
對於林明進不法所得3,407萬元，士檢新聞稿指出，為保全犯罪所得之沒收與追徵，檢察官已於9月4日在加利公司現場扣得803萬元，並向法院聲請獲准扣押他在900萬元銀行存款，以及坐落於台北市內湖區文德路之土地與建物，「期能藉由剝奪犯罪所得，使不法者勿生僥倖之心。」
