中央災害應變中心指出，目前現場救援人員回報，列車共8節車廂，搭車乘客約350人，已知確定罹難者41人（由台鐵鐵路接駁車送新城火車站後，轉送殯儀館）；受困6人（第八車廂）。
傷者部分：66人(門諾醫院8人、部立花蓮醫院9人、花蓮慈濟醫院28人、國軍花蓮總醫院12人、蘇澳榮民醫院5人、羅東博愛醫院4人)已經送醫治療；13人送醫途中。
消防署指出，據了解，當時一輛台鐵北迴線明隧道施工廠商的工程車，違規停在大清水隧道上方20公尺的施工便道斜坡上，疑似因為未拉手剎車，導致工程車從高處滑到到鐵軌上，直接撞擊害太魯閣號車頭和駕駛室，導致列車撞上山壁，整節車廂幾乎被撞成廢鐵。
