一名網友在「靠北生科」PO出原版的新生手冊，畫面中只見「交通」2字明顯比「陽明」小很多，僅只有1/4大，一看有種注音或附註的既視感，讓原PO忍不住吐槽「瞧不起交大是嗎？」文章一曝光，隨即掀起關注。
不少網友紛紛表示，「等下學期要提轉系申請就知道誰比較大了」「陽明吃豆腐吃盡，還得寸進尺」「笑死 歷年成績拉出來就知道誰大了」「不是對立啦...是注音，那個字寫作明讀作交通，陽交通大學」「我覺得很棒啊，交通跟陽明的學生表面上要繼續對立下去，讓當初想要合校的低能兒難看」，就連台大電機系教授葉丙成也轉發文章。
眼見矮化交通大學一事鬧得沸沸揚揚，隨即陽明學生會發道歉聲明，解釋當初為求排版及凸顯陽明校區，做出了將「國立陽明交通大學」之「交通」字樣縮小的設計，因思慮不周，未想到後續可能造成的負面影響，而造成大家的誤會。
陽明學生會強調，「我們絕無任何矮化交大校區或破壞對等合校之意，也絕不認同任何形式之戰校區行為」，表示因疏忽影響2校區之共識及互信，正在深刻檢討，也督促自己避免再次發生，「我們已更新電子版新生包檔案，並更正Facebook貼文的附圖，在幾天內也將重新寄發封面及此道歉說明予所有陽明校區新生。」
