校內知情人士對本刊說，健行科大目前有9名支薪專任董事，人數之多堪稱私校數一數二，但聘那麼多專任，每人年薪百萬，「有那麼多專任事務可做嗎？校長、行政主管不用做事嗎？令人匪夷所思！」更對在校辛苦工作的行政同仁及努力升等的教師不公平。
為了調查健行科大為何專任董事那麼多，教育部還與健行科大數度隔空打筆仗。校內知情人士出示公文表示，8月9日教育部去函健行科大要求提供專任董事「固定執行職務」的證明，結果校方8月17日回函，居然把董事會召開、公關事宜、國內外招生宣傳、甚至連出席校慶活動等，都說成是專任董事的固定工作內容，至於被質疑為何專任董事多達9人，校方也稱「支領報酬之上限」符合相關法規。
不過，健行科大的說詞隨後遭教育部打臉。校方人士提供的公文顯示，教育部8月18日去函健行科大表示，專任職務指的是「有具體工作內容（項目）、工作時間（出勤紀錄）及產出績效」，接著直指，校方所稱專任董事開董事會、出席校慶活動等，「均屬非常態性工作內容」，並要求提供這些專任董事「固定執行職務之證明」，若無法提供就應收回他們已領取的薪資。
後續，教育部10月21日再度去函提醒健行科大，必須追回鄭憲鴻溢領的薪酬，雖允許可分期付款，但限定要在2年之內還清，並要求校方在收到公文後1個月內必須回覆辦理進度。至於專任董事人數過多問題，健行科大承諾自110學年度起將調降專任董事及監察人的人數與薪資總額。
