對於柯文哲未先進入總統府內，而是獨自站在府外等待參加升旗典禮一事，總統府發言人張惇涵當天事後即說明，由於防疫考量，府內人數已達上限，才先由主辦單位人員安排柯文哲先至活動現場就位，如有安排不周還請柯文哲見諒，但這樣的說法無法讓民眾黨人士滿意，黨籍立委和發言人先後跳出來痛批總統府的作法失當，民眾黨臉書發文更質疑執政黨此舉是有政治力介入，目的要羞辱首都市長，還要求蔡總統向柯及台北市民道歉。
張惇涵今日晚間發出新聞稿表示，府副秘書長李俊俋今日稍早已致電黃珊珊副市長，秘書長李大維也已致電柯市長，再次表達總統府的致意。
張惇涵再次說明指出，今年總統府元旦升旗典禮首次由5大醫事團體共同主辦，主辦單位加上領唱國歌的防疫英雄，在總統府內準備的人數，即已超過80位人員，人數比起往年較多。因此，基於防疫考量，才比照其他重要貴賓的方式，由工作人員導引，安排柯市長先至活動場地就位。
張惇涵也還原昨天早上的活動狀況，他指出，貴賓證上通知貴賓到場的時間為05:50前，柯抵達總統府的時間約為05:37，其他重要貴賓，如參謀總長陳寶餘、監察院長陳菊、立法院長游錫堃，分別於05:30、05:39、05:46抵達，隨即由工作人員引導至活動現場就定位。由總統府提供的照片中可以看到，陳菊等人站在柯文哲身旁不遠處，而中間空了幾個位子。
而大家所看到，柯文哲身旁都是空位的畫面，張惇涵解釋，其實是因為被安排站位在柯身旁的貴賓是5大醫事團體代表，他們是在06:20左右才和總統、副總統一起至現場就位，因此在6:03的三軍儀隊操演時，除了總統、副總統及主辦單位5大醫事團體代表以外，其他已經到場的重要貴賓，都已在現場站定位，盼各界不要誤解。
張惇涵表示，總統府對於重要貴賓蒞臨國家重大慶典，皆由衷感謝並予以接待，強調不會有所謂的政治考量，他也重申，若活動安排有不周延之處，總統府願再次表達，希望柯市長能夠諒解。「總統府感謝柯市長昨日的出席，並感謝北市府各單位辛苦的工作人員，對於總統府元旦升旗典禮的支援協助。」
有別於民眾黨人士的不滿，黨主席柯文哲今出席活動時受訪表示，當時只覺得很奇怪，怎麼旁邊都沒有人？不過他也說不要緊，自己覺得還好，事情過了就算了。
