為防止病毒擴散風險，大部分確診者都在24小時內火化，這也讓許多民眾反映無法和親人好好道別。不過指揮官衛福部長陳時中昨在記者會中出示去年5月公告的公文，當中有公布遺體的處置措施，並沒有規定確診者遺體要在24小時內火化。
在去年6月8日的中央疫情記者會中，發言人莊人祥針對此一問題曾回應表示，雖沒有規定要在24小時內火化，仍希望盡速處理、減少風險；副指揮官陳宗彥則說，地方上的實務仍是在24小時內火化，而相關規範有訂定如何做好防護工作。陳時中昨進一步解釋，陳宗彥說的是相關單位希望在24小時內完成，並非明確規定，強調處理原則是「盡速」，但若因宗教等因素可報請地方主管單位核准後可採深埋方式處理。
然而柯文哲昨出席龍舟活動時表示，他也一直以為確診者遺體必須在24小時內火化，晚間更在臉書留言寫道：「連我也是今天才知道沒有24小時內火化的規定，政府政策的下達應該要更明確。」
然而網友翻出去年6月8日的北市防疫記者會，其中在媒體提問的環節中，由民視、台視、華視3家媒體聯合提問的內容中說道：「儘管現在中央不強制24小時內火化，殯葬業向市府爭取疫苗…」詢問市府關於殯葬業疫苗配發之問題，不過當時柯文哲並未回覆，而是交由副市長黃珊珊說明，但這個片段已足以證明柯文哲並非完全沒有接獲相關資訊。
醫師杜承哲就在臉書發文狠諷：「原來是台視民視華視和珊珊在整師父啊！他們去年6月就知道，卻沒有一個人告訴你？」此外，對於相關處理爭議有疑惑的其實不只有柯市長，新北市長侯友宜今（6日）公開回應表示，他看到第一線都是24小時火化完成，認為中央如果要改變處理流程，應該向民眾說清楚、對往生者有所交代。
