導演蘇鈺婷在2012年時正被長輩催促而掙扎是否買房，剛好遇到正在研究木建築的楊三二，因而開始思考除了買房之外的選擇。楊三二為了蓋出一棟能傳承給未來子孫的百年家屋，開始建造純卡榫的木造房子，但由於這項蓋屋技藝即將失傳，也使得房屋的完成日期一延再延，遲遲無法落成的房子成為鄰里間的八卦對象，更讓他的家人們為經濟所苦。
該紀錄片耗時10年拍攝，導演蘇鈺婷表示：「記錄楊三二一家人的這10年，我也從女兒與妻子的角色轉變為一位母親。隨著心境的轉變，我的鏡頭不再只是這個自學蓋屋的男人，而是這10多年來為了他的夢想又哭又笑的3個女人。」《家族樹》在反思高房價與工業化建築之餘，也希望引導出家人間對於「家」與「屋」的辯證。
蘇鈺婷執導的首部紀錄長片《祝我好好孕》曾入圍2018年釜山影展超廣角紀錄片競賽單元，她在再度入圍時指出：「非常感謝楊三二一家人願意給予拍攝，讓我看見住宅的多種可能性，也在拍攝同時，不斷反思自己與家人的關係。拍攝紀錄片的同時，似乎也療癒了我自己。『家』是給予愛，也常常是給予傷害最多的地方，期待每個人的『家族樹』都能開出屬於你的美好。」資深剪輯師廖慶松看見《家族樹》的潛力，因而擔任監製，並認為透過「家族樹」可以看見台灣家庭在千禧年後的樣貌。
2022年釜山影展將於10月5至14日舉行，除了《家族樹》，蕭菊貞執導的紀錄片《南方，寂寞鐵道》也同時入圍「「超廣角紀錄片競賽單元」。另外李怡芳執導、金馬獎最佳女配角王渝萱主演的青春情慾探索電影《小藍》，則入選「亞洲之窗」單元。
