北市議員王鴻薇日前指出，陳其邁1984年就讀中山醫學院醫學系申請公費，依規定要服務6年，但卻在畢業後就開始從政，質疑排擠名額、未盡從醫服務的義務。對此衛福部醫事司司長劉越萍則回應，陳其邁在1998年的紀錄上就已經將公費全數還款完畢、還完款就等於解除義務。
陳其邁也在臉書回應表示，從醫初衷從未改變，並說明自己在1991年畢業後順利考取醫師執照，但在當時遇上台灣民主化運動，因此開始投身政治，並依照規定返還公費。不過王鴻薇繼續質疑他的醫師執照被教育部保管、無法行醫，質疑其從醫初衷。
陳其邁今上午出席全聯岡山本洲冷鏈物流中心動土儀式，再度被問到王鴻薇的質疑，他表示，他要再次對此做一個完整的說明。陳其邁說，自己是實實在在的醫師，也是實實在在的公衛人，同時也是腳踏實地的政治工作者，「在每一個階段，我都在實踐我的理想。」
陳其邁細數當年，在1990年參與3月野百合學運，當時的訴求是國會全面改選、終止動員戡亂臨時條款；1991年時，提出廢除刑法100條的思想犯、也就是百分百的言論自由。而國會是在1991年才終結萬年國會、同一年終止動員戡亂臨時條款，在1992年時國會才第一次進行全面改選，並推動總統直選，後在1994年修憲，直到1996年台灣人才完成第一次總統直選。
陳其邁表示，在當時追求台灣民主化的過程，以及在當時打破威權、實踐人民追求民主自由的當大時代，他選擇放棄臨床的工作，投入政治改革，「作為一個學醫的人，我對我人生的選擇不後悔，這也是我一輩子努力的目標。」
陳其邁說，有許多醫界的前輩也是放棄臨床工作來從事社會工作或是政治工作，這些都是他學習的榜樣。因此，他也請大家能夠檢驗過去從他學生時代參與學運，到投入社會改革運動，不管是環保、反核，或者是在地下電台追求言論自由所做的努力，「我想這在過去30年也都接受選民的檢驗。」陳其邁強調，在大時代的過程裡面，他身為學醫的人，了解到整個台灣社會改革，以及台灣民主化的實踐過程裡面，「我的選擇是在於善盡我整個學醫、作為一個知識份子的責任，我的選擇從不後悔。」
對於王鴻薇的質疑，醫界也發出聲明力挺陳其邁，醫師公會全國聯合會、高雄市醫師公會、高雄縣醫師公會在18日發表聯合聲明，肯定陳其邁在公衛領域的傑出表現，大力推動台灣的公共衛生及健保醫療政策，嘉惠國人，「不應該以不實言論斷章取義，以錯誤資訊進行選舉操作，代表醫師公會予以譴責。」
