1992年5月15日，侯友宜的獨子，參加幼稚園戶外郊遊參觀活動，竟遭火焚，也就是當年轟動社會的健康幼稚園火燒車事件。
火焚奪走侯友宜的獨子，深深啃蝕侯友宜的志氣，他對人生的看法變地消極，意志也消沈，常常1個人坐在辦公室凝看室內的關公雕像。侯友宜在警界，除輝煌的戰功有名外，他所收藏的關公雕像之多，也同樣出名。
在那段椎心之痛，為愛子處理喪事的日子裡，佛經成了侯友宜安慰自己的方法，從佛經和自己所遭遇到的經驗中，侯友宜更深刻瞭解到人生無常，名與利更是過往雲煙！就在喪子後不久，侯友宜因連續偵破重大刑案，獲拔擢升任刑事警察局偵2隊長，擠身高階警官行列，也暫時離開台北市刑警大隊這塊傷心地。
刑事局管全國刑事案件，南北奔波的侯友宜，因對黑道犯罪相當了解，又將全國各地不少幫派老大、角頭掃進了牢籠，侯友宜的威名震攝全國黑白兩道，成為全國高知度明星級警官。
在健康幼稚園火燒車事件的隔年，原本不能生育的妻子，為侯友宜生下第3個女兒，由於小女兒的預產期和兒子的死忌同1天，侯友宜夫婦怕觸景傷情，因此提前1天迎接小生命的來臨！
小女兒的出生，使得侯友宜夫婦從悲傷中走出來，在小女兒滿月時，侯友宜曾以小卡片感謝所有關心他們夫婦的朋友，並在卡片上寫下自己又獲得愛女的喜悅心情。
在侯友宜輝煌戰功下，也有他辦不了的案子，那就是1994年3月底，台灣旅客在大陸浙江省淳安縣遊千島湖時，遭到大陸人民放火燒船劫財，共有24名台灣旅客慘死，及6名船員、2名導遊，總共被火燒死了32人，此就是震驚全世界的「千島湖事件」。
同年5月，海基會組代表團到浙江杭州，聽取大陸海協會安排，並計劃探訪涉案的被告及大陸罹難者家屬，侯友宜就是海基會所聘的專家之一，並以海基會「顧問」身份到大陸浙江「辦案」，這是國內警界首次有現職的刑事警官前往大陸偵辦案件。
在海基會千島湖調查團「辦案」時，侯友宜以手中1張台灣旅客剛好過所拍下的海瑞號出事時，只見冒煙不見火的照片，質問海協會官員「說謊」時的強硬態度，讓在場的媒體記者、家屬等，都為他的「勇敢」捏把冷！
只要談起千島湖事件，侯友宜總是會說「出事的海瑞號現場都已經被整理過，現場都破壞了還能看什麼？」仍可已看地出來侯友宜，對自己第1次跨海「辦案」的成績相當不滿意。對於無法幫助千島湖慘案罹難家屬點，一直有很深的歉意。
