柯文哲26日在臉書寫道，「今晚我要感謝你們在這場選舉中給予民眾黨的協助。恭喜全台灣所有新任縣市首長、基層民代，恭喜各位代表著新的民意，即將在2023年展現全新氣象。」
柯文哲恭喜蔣萬安贏得台北市長的選戰，表示已經打電話給他，希望盡快指定雙方PM，進行局處對局處的交接，不因為市長的轉換使台北市政有所延誤。他也致電陳時中，跟他說聲辛苦了。
柯文哲表示，對於黃珊珊這次沒有選上，仍然感到遺憾。「她有優良的從政經歷跟熱忱服務的精神，她在藍綠兩大黨的夾擊下，還是能以無黨籍身分拿下34.2萬票，真的不容易。她一路堅持用理性、平和的態度，提出最可行的政策，贏得許多中間選民的心，這更不容易，也代表台北市的第三勢力正在壯大。」
「黃珊珊還非常年輕，我相信她的理想、熱情不會因一時的敗選就消失，相信她會一本初衷，繼續為人民服務。而我8年來的努力跟政績，沒有辦法獲得市民肯定來繼續支持黃珊珊，我自己必須反省檢討。」
柯文哲認為：台灣就像一個小小的院子，裡面有藍、綠兩棵大樹，在地上遮天蔽日，地底下盤根錯節，其他的植物很難生存。「但過去8年，我們已經在這個院子的一個角落，做一場政治實驗，讓藍綠白橘各種顏色都能不分黨派在市政府為人民服務。今年雖然無黨籍的黃珊珊沒有辦法順利當選，我仍然希望這種精神與文化可以繼續運作下去，不要重回藍綠惡鬥的政治生態。」
談到新竹市，高虹安拿下了將近十萬票，柯文哲認為，這是一場捍衛價值的選舉，新竹人民戰勝了各種暗黑力量，不讓鋪天蓋地的抹黑，抹去理性、務實、科學、中道的力量。「我要特別感謝我故鄉的選民對台灣民眾黨的支持，讓代表台灣民眾黨參選新竹市長的高虹安，在種種負面攻擊下有奧援，讓她愈挫愈勇。我希望負面選戰、選舉操弄到此為止，相信她一定會兢兢業業，打造新竹成為全球的科技城市」。
最後柯文哲表示，「這場選舉告訴我們，我們對於民意一定要心存敬畏，水能載舟、亦能覆舟。我們第一次面對地方基層選舉，的確經驗不足，但我們會更加努力、團結，繼續深耕地方、認真傾聽民意。」
他坦言台灣民眾黨的得票不多，但意義深遠，每一票，都是民眾寄託予我們的一個希望，這麼多人期望台灣政壇有新的力量、帶來改變。「我們會重整隊伍加倍努力。輸贏都必須檢討，如何繼續發揮自己的力量，繼續為公眾服務。」相信這次選舉不是終點，而是改變的起點，「我希望台灣因為我們變得更好，謝謝大家！」
