國內2008至2010年期間爆發羊痘疫情，重創本土養羊產業，其感染的動物會發熱、呼吸困難，以及眼鼻分泌物多與膿稠，嚴重甚至會眼瞼黏連，以致眼睛無法張開，且全身會皮膚痘瘡、潰瘍等症狀，然而成羊死亡率約為5至10%，幼羊死亡率則高達50至80％，光是2010年4到12月底，國內就撲殺2.37萬頭羊，損失慘重。
為此農委會防檢局於2010年6月推動全面施打羊痘疫苗，所幸疫情獲得有效控制，期間僅2011年與2012年各出現零星案例外，迄今已超過10年以上田間無羊痘通報案例，對此，防檢局今召開記者會喜宣布撲滅羊痘。
防檢局透露，國內2012年彰化縣通報羊痘案例後，迄今未再發現案例，疫情現況符合WOAH陸生動物健康法典所列羊痘非疫國要件，研判田間無羊痘病毒活動跡象，將於明年元旦起全國停止施打羊痘疫苗，有效減少羊隻飼養成本。另外，在各項評估指標符合前提下，國內持續疫情監控並開始全面停止羊痘疫苗注射，並於明年10月下旬，向世界動物衛生組織自我聲明羊痘非疫國。
