吳佩蓉指出，林明溱的論文完成於2010年，而張秦瑞當時恰恰是林的法案助理。張秦瑞自暨南大學畢業後，考上中山大學公共事務管理研究所博士班，他曾參與指導教授的委託研究案，並與老師一起掛名投稿，相關研究和文章的主題均與林明溱的碩論題目近似。此外，張秦瑞的博士論文題目為〈社區參與災後重建推動模式之研究〉（2015年），部分段落內容也與林明溱的碩士論文重複，而張並未將林的著作列入參考書目。
吳佩蓉表示，張秦瑞的指導老師為中山大學的郭瑞坤教授，他在2011年拿到行政院研考會委託的案子〈大規模災難災後重建社區營造機制之研究〉，經費為100萬元，在遞交的結案報告封面，他讓愛徒掛名研究員。比對這份委託研究報告和林明溱的碩士論文，居然有多個段落雷同，而郭、張兩人未將林列入參考書目中。她質疑，堂堂的中山大學教授和博士生，領受公帑卻抄襲林明溱的論文？這不僅涉及學術倫理，也違反了研考會的規定。
吳佩蓉指出，表示不止這份研究報告，郭瑞坤和張秦瑞兩人在2012年共同發表的〈災後社區重建機制:解析九二一地震和莫拉克風災重建經驗〉，刊載於《中國地方自治學刊》（65(10)：21-46），也有數個段落與林明溱碩士論文重複，同樣也沒把林的論文列入參考書目。但她不認為郭教授會甘冒風險去抄襲林明溱的文章，若真如此，不僅將賠上多年的學術聲譽，連行政院研考會也會追究他的責任。
吳佩蓉認為，郭瑞坤和張秦瑞的文章段落之所以會與林明溱的有重疊之處，最有可能的狀況是，張秦瑞當年是林明溱碩士論文的代寫者，他一邊幫教授蒐集資料，一邊準備自己的博士論文，可說是「一兼二顧，摸蜊仔兼洗褲」！
還有另一種情境可能是，在林明溱仗勢威逼之下，張秦瑞不得不協助老闆完成論文，既然都得整理資料，他自己的論文主題只好跟著轉向，側重災後重建的相關議題。她說，一個當年是立委，一個是法案助理，卻知法犯法，奉勸林、張出面向社會大眾清楚交代，2人的學位都該被撤銷。
吳佩蓉說，在林智堅論文抄襲案爆發後不久，國民黨主席朱立倫曾批評蔡英文總統是教授出身，只要她肯花5分鐘比對一下，更聲稱：「小學生、老師都看得出來絕對有問題，百分之百有問題，是抄襲的！」她痛批，朱主席面對林明溱這麼明顯的抄襲卻視而不見，看來朱立倫遠不如前主席、立委江啟臣！
