陳明通任教台大國發所期間，指導前新竹市長林智堅、行政院副院長鄭文燦的碩士論文，去年先後被爆出抄襲爭議，除了2人學位遭撤銷，陳明通也被檢舉論文指導不周。
台大上個月召開校級教評會討論陳明通的檢舉案，校方14日對外說明，教評會認定陳明通確實有指導不周等違失，但情節不到應解聘的程度。此外有消息指出，教評會同時也給了陳明通3項懲處，包括陳明通不能歸建擔任教授職、不能再申請延長服務，也不得再被聘為台大兼任教師。
台大校長陳文章28日表示，陳明通身為指導老師，其指導的學生學位論文被撤銷，陳又稱有論文撰寫的「公版」，身為老師當然有責任。陳文章認為，台大老師指導學生有一定的標準，且台大是龍頭大學，這種事對校譽傷害很大，陳明通有必要向社會大眾道歉。
陳明通的退休案也在台大審議結果出爐後，繼續由教育部進行辦理，依《公立學校教職員退休資遣撫卹條例》規定，除非達停聘、解聘、不續聘的程度，主管機關才會不受理退休申請。
教育部長潘文忠今上午對外表示，已經依照台大學倫的調查結果，核處陳明通的退休案，並在19日函覆台大；台大隨後也證實，教育部已核定陳的退休，校方將依規定辦理後續事宜並通知當事人。
