本刊取得投訴人提供的多段照影片，證實賴智明與女學生確有交往，2人在外互動十分低調，鮮少併肩而行，也很少有親密的肢體接觸，似乎擔心被人跟監，只有在停車場準備離開時，偶爾會聽到吳女叫賴：「寶貝！」算是非常小心。
除了避嫌少有互動外，2人外出行蹤神祕，賴開著他BMW深藍色豪華休旅車接送，女學生常小跑步追車後跳上車，深怕被人發現。女學生出入同居處也熟門熟路，與社區管理員有說有笑，狀似熟識。
另外，賴上課時都會要求女學生坐在第一排，男學生則會很識相地往教室後方坐，「不然賴老師心情會不好！」賴排擠男學生的情況，也反映在他指導的論文上。以往在原單位評鑑優等的男學生，一到賴智明的手裡，下場都很淒慘。
如1名平均成績90分的男學生遭逼退學，也有海軍官校第1名畢業的男學生遭延畢1年，還有些拿不到畢業證書，都是論文被賴卡關。除了私德問題，賴智明還被控把學生當人頭，詐領研究經費，並要求學生繳回一半費用讓他中飽私囊，行徑非常誇張。
針對指控，賴智明回應本刊指一切都是有心人抹黑，稱他在2年前離婚，目前是單身，吳女是靠自己能力考上清大博士班，他只是介紹當年的指導教授給她，吳女到他家是為了商討研究與功課。
另外，在授課時，他沒有要求女學生坐在教室前面，也沒有要學生退給他研究助理費。認為這一切都是有心人認為他阻礙了升官，才會一再造謠抹黑他。
雖然賴智明聲稱2年前已離婚，不過，根據投訴人提供的身分證資料，賴至少在去年8月時，仍然是已婚身分，與賴的說法不符。
