根據《華盛頓郵報》報導，週四稍早，國務院才發出內部電文，指示領事人員對所有「將就讀哈佛大學或參加該校交流計畫」的簽證申請，一律予以拒絕，即使申請人早已面試並符合其他資格也不例外。更絕的是，電文還強調，即使遭拒，申請人也無法拿回高昂的簽證申請費，理由是「還是有參加面談」。
這份指令甚至連那些簽證已經核准、已經列印出來、但還沒發還給申請人的個案也不放過，要求領事人員當場註銷。更誇張的是，國務院還特地設計了一個全新的拒簽代碼「HRVD」，乍看就是哈佛（Harvard）的縮寫，似乎直接把這所世界名校列入黑名單。
事實上，川普政府早已將哈佛視為眼中釘，上月，美國國土安全部曾試圖撤銷哈佛的大學外籍生計畫認證，理由是該校「容許反美、親恐怖分子的外國人」在校內滋事，破壞校園秩序，但法院即時阻止了這項舉動。
週三（5日），川普更進一步發布總統令，直接禁止打算就讀哈佛的外國學生入境，哈佛火速提告，批評此舉明顯是繞過法院禁令的惡意手段，並於週四晚間向法院申請臨時限制令，法院當晚9時54分批准，但就在法院下令前的8時59分，國務院已搶先向各地領館下達拒簽命令。
週五晚間，國務院終於低調撤回前日命令，宣稱「應恢復處理哈佛學生及交流訪客簽證」，但同時強調「仍應加強審查，包括社群媒體背景調查」。
專家向《華郵》指出，即便禁令正式撤銷，國務院在簽證發放方面仍擁有巨大的權力，領事官員可以任何理由拒絕簽證，且無需解釋原因。簽證也可能被置於「行政處理」狀態，申請人恐怕對案件進展一無所知，進入不確定的狀態。
