如同片名《96分鐘》所暗示的，這是一趟從台北出發、直達高雄的高鐵旅程，但車上卻發現有炸彈，讓宋芸樺飾演的刑警，夥同林柏宏飾演的拆彈專家，在高鐵列車上進行一場生死時速的競賽。在片中兩人扮演辦案搭檔、也還是夫妻，宋芸樺說，「他們其實是有雙重身份的，我覺得在這部電影，夫妻之間其實有很多很複雜的心情。知道要飾演夫妻後，是一種安心的感覺。」
林柏宏片中要嘗試演出心中有陰暗面的角色，在鏡頭前怎麼出生入死都沒感覺，但每天收工回家就是往身上貼酸痛貼布，結果片場被封「湯姆克魯宏」外號，就給人感覺豁出去了！他說：「因為那角色心理上也是很痛苦，因為我一直在車上要拆炸彈，所以要背負壓力。」宋芸樺在片場的綽號，則是「警犬」，因為就非常認真，不管別人去哪、她都會在後頭跟著。。
劇情從頭到尾都是緊繃的狀態，演員都相當投入，李李仁記得某一天拍動作戲用力過大，居然把高鐵車廂的布景給打穿了。所幸隔天美術鬼斧神工，立刻修復。宋芸樺則是沉浸在劇情中，用力過猛，完全沒注意把李李仁的左手弄傷，直到收工後才發現都是瘀青，讓人相當傻眼的是，這場戲根本不是武打戲。
全片都在台中攝影棚搭景重現高鐵車廂的密閉空間，加上LED大型螢幕播放從台北到高雄行進的實景影像，打造出沉浸式的錯覺，就像在搭高鐵一樣。所以演員每天收工後，搭高鐵往台北行進時，會有一種還在拍戲的感覺。片中飾演高鐵服勤員的葉靜涵就說，每次搭高鐵就突然很想站起來服務乘客！宋芸樺則說，藉由本片讓她學到很多關於高鐵的知識，「像是控制台、第幾節車廂等等。」大家也相約電影於9月5日上映時，再搭高鐵跑宣傳。
