儘管如此，知情人士透露，從去年520以來，賴團隊內部一直苦於國安會、外交部的相互杯葛，諸多隔空較勁事蹟早就傳遍台北政治圈，賴清德曾親自出面提醒，雙方才稍偃旗息鼓。
今年五月執政團隊爆發共諜案，長期跟隨吳釗燮的機要幕僚何仁傑涉案，使吳備受外界責難，當時林佳龍在立院答詢，不僅坦言這對外交工作傷害大，被問到吳釗燮是否該負政治責任時，也未幫吳緩頰，而是要立委「可以自己問吳釗燮」，短短幾句對答，盡顯兩位前後任外長的關係暗潮洶湧。
龍燮屢起勃谿，讓不少外交圈的事務官、公務員私下都議論紛紛，外交文官系統亦感到困擾，甚至連友盟的外交人員也早就嗅到不尋常氣氛，私下開玩笑向我方打聽「你們的外交部長到底是誰？」、「到底誰說了算？」
