對於高為元一事，教育部指出，現行法規並未禁止國立大學校長在任內參與其他大學校長遴選，過去也曾有國立大學校長於任期接近尾聲時參與其他學校校長遴選，並無明文限制。
教育部也說，高為元是在第二任任期正式開始後不久即赴美參與決選，以國內台灣大學、清華大學、陽明交通大學及成功大學等頂尖大學而言，此類情況相當少見。
高為元今天也發出公開信說，7月31日的新聞跟後續的輿論給大家帶來了困擾與不安，自己深感抱歉。他說，高教界與業界的挖角常見，但國外的大學延攬台灣現任的大學校長實屬罕見，「當機會到來的時候，的確引起了我的好奇，這是我對東西方職場文化差異的理解不足。」
高為元也說，十分珍惜與每一位清華人的緣分，企盼大家繼續支持，讓大家共同努力，再造清華的新高峰。
