對於賴恭利法官的質疑，司改國是會議籌委會副召集人瞿海源教授也認為不妥，已請林峯正道歉，並不可再犯，瞿海源並指林峯正發言時他在場卻未及時更正，他也向分組委員道歉。林峯正強調，自己是擔心媒體不了解議題內容，才引述上週四法務部記者會針對檢察官監督的說明，若因此引起外界誤解，認為司改國是會議還沒開會已有結論，他對此道歉。
林峯正強調，他前天對媒體說明裁判憲法訴願議題時，也擔心媒體不了解，才舉例說，過去有一些冤案，到最高法院可能就結束了，而司改國是會議將討論，未來若有裁判憲法訴願，這類案件還可以跟大法官解釋，林峯正認為，如果這樣的說明，容易引起誤解，他也將避談，林峯正強調，他不是在宣布會議結論，無法也無意去導引結論。
參與司改國是會議的台中地院法官賴恭利，今發電子郵件給司改國是籌委會副召集人瞿海源教授及分組委員，指昨《中央社》報導司改國是會議時，指林峯正說，外界相當關心司法官「監督」的議題，法務部上週已提出改革方向，「與會委員也認為這是很好的方向」，要讓檢評會委員能有主動提案的評鑑權，而不只是被動地接受檢舉。
賴恭利質疑，有關「 監督」、「評鑑」的議題在昨天分組會議中根本沒有討論，何來「與會委員也認為這是很好的方向？」，且在2月20日第二分組的會後記者會，也出現類似的情形，該次分組會議根本沒有談到平反冤錯案，也沒有討論實質的內容，只是在處理議題優先性的程序問題，林峯正副執行祕書同樣急著對外宣示政策方向，指大法官解釋將直接平反冤錯案件。
賴恭利法官在郵件中指出，這顯然都是林峯正擅自代分組會議的委員作主，第二分組成員前已有人向林峯正副執行祕書反應，但他在第二次會議後又再為之，令人遺憾，賴恭利法官在信中提及，輿論及部分法官、檢察官已一再質疑司改籌備會黑箱操控與會委員、議題，也質疑司改籌備會已先有司改結論，開會不過是為求表面上符合民主正當程序。
賴恭利指出，他雖是法官票選的代表，為多數法官發聲，但基於審判的性格，實事求是，他不願拿著別人的麥克風發聲，仍保有他自己的獨立判斷空間，他是以眼見為憑，寧可先相信籌備會沒有操控的情事，一切都是為國家司法制度的改善設想。
信中指出，司改國是會議籌委會一直認為外界的攻擊沒證據，未審先判，無法接受外界的質疑，這種場景簡直是外界對司法誤解的翻版，外界對司法的攻擊，也常常是沒證據就未審先判，所以他對籌委會被質疑的處境有著同理心，但林峯正副執行副祕書的連續兩次會後記者會發言，已流露出似乎已有內定結論方向的痕跡，自己坐實外界指責籌備會操控的指控，讓司改國是會議客觀性的立場遭受質疑。
賴恭利法官認為，這會讓外界認為，在還沒有實質開會討論議題前，就先利用媒體引導議題結論的手法，等於是綁架分組委員，無論最後結論是否相同，都是陷分組委員於不義，一旦最後結論相同，更會使分組委員遭受被收編的質疑，他請瞿海源副召集人提醒林峯正副執行祕書，謹守發言份際，不要再為司改國是會議增添紛擾。
