2004年，台灣第一次出現禽流感，李惠仁前往採訪。官員說禽流感H5N2是候鳥帶來的，地方政府還上演一場用高壓水柱清洗電線桿的媒體秀，讓李惠仁覺得很奇怪。當時其他地方的禽流感都是H5N1，為什麼台灣卻是H5N2？有人質疑，這是非法疫苗業者帶進來的病毒，李惠仁也陸續拿到證據，認為這波禽流感是人禍。
「H5N2本來是在墨西哥實驗室裡的病毒，不應該跑到野外去，是台灣的非法疫苗業者把它弄來製作疫苗，但技術太爛製程不好，打疫苗等於是把病毒打到雞身上，那是台灣第一次爆發禽流感。」這才讓檯面下的祕密見了光，但官員仍然沒有做好防疫工作，幾年下來，H5N2又跟其他病毒交換基因，在地化、變種，H5N3、H5N8、H5N6…。
李惠仁做起調查很有耐心，在細節裡找魔鬼。他調閱立法院解密資料，在成堆文件中大海撈針，找到一連串像密碼一樣的病例編號，對照某位學者發表的論文，才知道，那病例編號正是2005年起，19起被隱匿的高病原性禽流感案例，沒有出現在官方檔案裡。
但他也不是自己埋頭閉門苦幹，他說：「每個調查記者有很多消息來源和線民，官方、業界、學界都有，有很多人幫忙。農委會也很想知道是誰在幫我，當違法、隱匿疫情的事情被披露，他們第一個想的不是解決問題，而是，誰把資料給李惠仁？這是官僚體系根深蒂固的事情，因為有人洩密，才讓他們難堪。」
李惠仁收過許多匿名的爆料文件，但在無法確認爆料者是誰、有何動機的情況下，只能先確認訊息的真偽，才能讓報導有憑據。他說，爆料者一定有目的，有些可能看不慣不公平正義的事情，有些可能想讓某個官員下台。就算收到資料，也可能不是全部，必須反覆驗證。「以前有業者廠商提供資料，但他有目的，只講他想讓你知道的，後來那個業者就不再提供資料，因為他發現火可能會燒到他自己。」
多數時間在工作，他生活相當簡省，自己修理印表機，修理麥克風。連續幾次看到他，都穿著同樣的衣服。一件卡其色襯衫外套，袖子可以拆下變成短袖，下半身則是有好多口袋的工作褲。他不說私事，臉書上貼的，幾乎是義正嚴詞批評，好像他多年來只為此而活。
太太劉瑋曾經問他：「你不怕嗎？家人的風險與未來你有沒有想過？」李惠仁回答：「我一個人承擔。遇到了只能向前，有那麼多人在背後幫助我，怎能後退？請相信我，支持我。」他一個人在第一線衝撞，但背後是家人的理解支持，是義無反顧向前撞的最強後盾。
