另一支保安警察第三總隊警犬隊於2004年成立,主要任務是協助海關緝私、緝毒,並接受其他單位申請配合執勤。在台灣民情不能接受鎮暴犬、經費有限和長官重視程度不一的環境下,2013年保一警犬隊被裁撤。 2014年新北市警犬隊風光出發,同樣面臨缺乏專業訓練人士和經費問題,反映出台灣警犬培育瓶頸,警犬制度的存廢取決於政府的態度。