事實上面對近期風波，長庚為回應社會期待，董事會不僅修改組織章程，也決定醫院所持有上市公司的股份，未來不再行使董監事選舉投票權，此外，包括長庚異體複合移植中心主任魏福全、林口長庚醫院名譽院長翁文能、長庚醫院行政中心執行長黃銘隆等3位法人代表，也將分別請辭台塑、台化、台塑化的董事職務。
但對於這樣的結果，衛福部仍不滿意，甚至列席長庚董事會，堪稱是政府頭一遭強力介入醫療財團法人經營管理。衛福部醫事司司長石崇良說，目前包括人事規章、醫師懲戒等部分，主管機關共提列17點改善建議，「他們確實有朝指導方向在處理，可是沒有完全達標、還很多沒有做到，因此要繼續觀察。」
尤其衛福部要求台塑關係企業退出長庚董事會，長庚卻以於法無據未通過，石崇良直言，醫療財團法人具公益性質，董事成員應該有醫療、財務、法律等各種專家賢達，不可流於「家族會議」；為避免醫療財團法人成為投資控股公司，也必須降低該法人投資企業的金額與占比。
石崇良指出，「這絕非打壓台塑或針對長庚董事長個人，我們談的是制度。」一旦家族退出董事會，不管長庚管理者或其他未擔任台塑關係企業職務者進入董事會，都樂觀其成，目前衛福部給長庚的改善期限到本月22日，希望長庚能以高標準自許。
可是衛福部的要求已經踩到王家的底線，台塑集團管理中心常務委員王瑞瑜認為，王家或企業代表退出長庚董事會絕非解決醫院問題的方法，「問題在哪要追根究柢、實事求是，而非把矛頭指向董事會」，且企業主管是扮演財務後盾的角色，王家與企業主管絕對不能退。
