知情人士透露，事件爆發後總統府內部清查歷次出訪免稅品訂購記錄，發現特勤人員利用出訪購買超出法定攜帶入境額度的免稅菸品並非首例，只是過去數量不像這次這麼大量，懷疑此次與菸稅調漲有關。
他說，這次走私菸品案的疑點包括：訂購菸品的單次刷卡額度逾200萬元，總額超過600萬元，一位少校級軍官如何有這麼高的刷卡額度？華航內部如何配合訂購？一人訂購9,200條免稅菸到底是自用、團購，還是勾結私菸集團？這些疑點都有待吳宗憲在接受調查時釐清。
總統府事發後發出聲明指蔡英文總統震怒，據了解，蔡英文對隨扈長期藉出訪超額訂購免稅菸相當震驚，認為實在不可思議，因此要求國安局等相關單位嚴查嚴辦。
晚間總統府再次發出聲明，國安局長彭勝竹已向總統請辭獲准，總統府侍衛長張捷也自請處分，將予以調職。總統府也表示，對可能之積弊，總統亦責令相關單位立即徹查，釐清相關責任，同時也積極配合司法單位調查。總統也認為身為政府人員，都應該有更嚴格的自我要求。
