本刊調查，行政院早在4月9日會議拍板，要求國防部依職務類別分別發放14天10片、14天14片的口罩給國軍人員，但國防部遲至17日才宣布發給全體國軍每人每天1片口罩。
詭異的是，參與防疫決策官員透露，直到敦睦艦隊9日返台後，14日正要解除隔離之際，國防部才主動向行政院要求再次召開口罩會議，稱要與政院確認「能否每人每天發1片」「健保卡註記」等執行細節，這時政院高層才驚覺，原來國防部並未完全落實9日的會議結論，「我們拍板了那麼久了，他們都沒有動！」官員不滿地說。
17日下午陳其邁於是再度召集開會，知情人士說，國防部代表不只急切地向政院確認是否能每人每天發1片口罩，另還表示，「今天就要發新聞稿公告」，有官員狐疑反問，何不等隔日白天再宣布？但國防部堅持當天處理，更親派專人送稿到政院，待核定後迅速在傍晚5點30分正式對外發布；未料，當天深夜，府院就接獲指揮中心回報得知磐石艦有3人確診。一名官員直言，「國防部是否已得知軍艦可能有疫情或察覺有異，才急著先打預防針？」
不只如此，軍方對軍艦的防疫措施也未誠實以告。當磐石艦染疫爆發後，海軍第一時間宣稱，行前準備3萬多片口罩，所有官兵入境帛琉有填寫健康聲明書，活動也都消毒、洗手，並全程配戴口罩，但此說法馬上遭我國駐帛琉大使館臉書上的幾張照片打臉，畫面可見，艦隊官兵在當地活動、合影均無人戴口罩。海軍副司令梅家樹於是在19日記者會才為此鞠躬道歉並坦承，因帛琉沒有確診案例，相關拜會及戶外活動並未戴口罩。
