林智堅的台大論文被指出與調查員余正煌的論文有多處雷同，林智堅在第一時間即出面解釋，表示當年他的論文主題是針對選情民調進行研究，余正煌則是以林智堅為研究對象，因此向林借來一手民調資料，因此林才是原創者。但因為余正煌在2016年就完成碩論口試、他則在2017年才畢業，所以才會變成余正煌的論文早於他。林智堅的指導教授陳明通也出面為他的原創性背書，並秀出余正煌的論文謝詞，當中有明確提及
然而論文爭議卻未因此平息，藍營進一步向台大提出檢舉，台大也因此成立審定委員會來進行調查。為此，林智堅25日也再度公開說明，重申他是論文的原創者，研究設計也早於余正煌，強調絕無抄襲，並表示已將相關資料和證據提供給台大學術倫理審定委員會。
對於林智堅的說法，國民黨台北市議員王鴻薇反過來質疑林智堅是在逼余正煌承認抄襲，因此她已向台大發出檢舉信，並附上林智堅的記者會內容，要檢舉余正煌涉嫌抄襲，並說要給余正煌一個說明的機會。
和林智堅都被檢舉抄襲，余正煌今終於打破沉默。媒體人黃揚明公開一則來自余正煌的聲明，嚴正駁斥抄襲說。余正煌表示：「本人之論文均按照學術規範自行撰寫完成，未有任何抄襲之情事，並已將相關事證交予臺灣大學社會科學院學位論文違反學術倫理審定委員會。」
余正煌說，本案法律事項均委任張祐齊律師、曾威凱律師處理，他不再對外做任何回應。對於外界指稱他論文涉及抄襲之情事，與客觀事實不符，「倘日後仍有不實指控、造謠抹黑或惡意中傷之情況，本人將依法訴追相關責任，以維自身權益。」
對此，林智堅委任律師黃帝穎表示，有人說他們去向台大檢舉余正煌，此事並非事實，律師團對於其他的部分並沒有做出任何指控，因此並沒有對其他包括余正煌在內去提出任何檢舉。
