過去2年，日本是新冠肺炎疫情的重災區，橋本昌和坦言《幽靈忍者珍風傳》製作過程也受影響。例如團隊有人染疫，製作公司不得已暫時關閉、改成居家上班，「但這也對動畫業界產生一些改變。以前可能一部動畫許多環節會用紙本作畫，現在大部分都改為線上作業。」
過往不論大小事，團隊常會聚在一起開會，如今偶爾採視訊會議。「一些需要團隊腦力激盪、創意發想的事，像是討論劇場版主題，或許還是會找一個比較悠閒的空間、面對面開會；但一些能快速討論的事，我希望未來就直接視訊處理。」
另一個受疫情影響較大的層面，是聲優配音。「去年都以3人為一組，分批收音錄製，到今年終於可以8個人同在一個大錄音室配製。」橋本昌和認為與電視動畫相比，聲優與劇場版角色磨合時間短，需慎選特別來賓。這次《幽靈忍者珍風傳》請來前AKB48成員川榮李奈替本作要角「屁祖隱千代女」配音，搞笑藝人原市二人組在劇中扮演自己；男星山田孝之也短暫「獻聲」，客串一位神祕角色。
