前新竹市長林智堅日前因論文抄襲，台大國發所、中華大學的碩士學位雙雙被撤銷，讓全台政壇陷入抓論文風潮，鄭文燦也在今年10月被游智彬指控，其在台大國發所撰寫的碩士論文《中國基層選舉演變之分析─尋找民主發展的動力》涉嫌抄襲，指導教授與林智堅相同，都是國安局長陳明通，由於其論文引用的資料多為中國的，因此以台灣查詢系統比對查不出來，但由中國的系統比對的話，抄襲程度高達30.27%。
今日上午資深媒體人黃揚明發文，「據傳，鄭文燦台大國發所碩士學位遭撤銷，陳明通終身不聘用，仍待校方進一步證實」。而鄭文燦也臨時取消今日原定的2個公開行程，讓外界猜疑是否與學位被撤銷一事有關。
據《鏡新聞》報導，鄭文燦已在稍早收到調查結果，台大認定抄襲比例過高，決議撤銷其台大國發所碩士學位，同時決議永不錄用陳明通，鄭文燦陣營則表示，會尋求後續的行政救濟管道，要求台大重新調查。另據《中天新聞》報導，今日鄭文燦接受媒體聯訪時，被媒體追問論文的結果，沒有任何回應直接轉頭走人。
