林智堅今以被告身分現身法院，面對大批記者圍堵，林智堅未受訪，僅提醒大家小心跌倒。法庭上，林智堅面對法官提問，表示自己的論文是以自己2014年參選新竹市長為選題，資料也是自己委託民調公司做的，並透過指導教授（現國安局長）陳明通指導完成，沒有動機或必要抄襲余正煌論文，也沒有抄襲，無認不認罪問題。
林智堅的辯護律師蕭雄淋則提台大學倫會的審定報告為匿名，非由法院或檢察署依法選任或囑託的鑑定人，因此於刑事自訴案件沒有證據能力。並且控余正煌的89頁論文有22頁完全是複製貼上林智堅與民調單位製作的問卷，其他的表格與內文也以此民調為基礎發展。而余正煌未經授權就改作他人著作，並無著作權，也無權以此提起自訴。
林智堅另一律師胡中瑋也聲稱，論文屬階段性完成，不能單憑發表時間斷定抄襲，林智堅與余正煌的重複處，林早在2016年2月1日就已經完成研究計畫初稿，並且有公證人公證。而余正煌主張重複的部分，為2016年1月5日陳明通客製給余參考的論文草稿，來自林智堅與陳明通之筆，建議法官傳喚余到庭說明哪些文字是由陳明通提供。
另一方面，雖然出庭前余正煌在臉書上稱「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來」，據悉還提出33處林智堅抄襲自己處，不過今余正煌並沒有親自出庭，因此結束開庭後，胡中瑋受訪要余正煌像個男子漢站出來，不要躲在律師團後面。
余正煌的律師張祐齊受訪時則對媒體聲稱，余正煌因此事件飽受壓力，導致整個家庭、生活與工作受影響，甚至連二姊過世時，都不敢把名字寫在訃聞上。但林智堅卻稱余正煌是要用此事件影響選情，實際上是非常荒謬。
