李鴻源上個月底在網路直播中提到，不是口罩國家隊就不能買賣口罩，「你要參加『國家隊』你知道回扣多少嗎？那個回扣的成數我聽了都要昏倒」，直指加入口罩國家隊的廠商收取高額回扣。對此經濟部發出新聞稿強調，李鴻源的說法與事實不符，「李鴻源先生『無的放矢』批評，對參與的相關同仁非常不公平。」而李鴻源被記者問到是否有相關證據時僅說，他又不是政府，去哪邊拿證據。
曾參與口罩國家隊的台灣工具機暨零組件工業同業公會、台灣機械工業同業公會，以及台灣區不織布工業同業公會，今發出聯合聲明稿表示，2020年春節前夕，本土出現COVID-19疫情確診案例，在指揮中心以及經濟部號召下，紡織所、工具機公會、機械公會、不織布公會以及口罩業者等成立國家隊，在4個月內將口罩的產能從每日188萬片提升到2,000萬片。
3大公會聲明稿指出，每個參與抗疫工作的團隊夥伴都經歷過披星戴月、廢寢忘食，在工廠與機器、口罩為伴的日子，為的就是提早作出新口罩機，增加口罩產量，每多一片口罩國人的安全就能多一分保障。「正是這樣的心情與初衷，支撐著每個人堅守崗位，克盡職責，讓民眾平安度過疫情不明朗的初期，也讓全世界看到了口罩國家隊奇蹟。」
2020年1月31日起，在指揮中心統籌下全面徵用國產醫用口罩，並實施口罩實名制，讓每位民眾都買得到每片新台幣5元的口罩，統一徵用、統一調度、統一售價；相較於國外動輒哄抬口罩至每片超過10元的情況，讓民眾以每片5元實名制購買，實名制價格既符合成本、也務實符合供需，「巨額回扣說法純屬子虛烏有。」
3大公會表示，如果當時經濟部不去限制出口，以台灣口罩廠的行銷能力，相信出口可以賺更多，但當時廠商沒有二心全力供應國內，在疫情趨緩後卻受到這樣的指控，讓人心寒。
3大公會嚴厲譴責，並要求李鴻源道歉，呼籲國人認清事實，不要讓為彰顯個人意識，別有用心、胡亂串聯的人，影響台灣社會和平良善的風氣，而讓防疫有貢獻的參與者蒙受不白之冤，「再次請李先生拿出證據，否則請公開道歉」。
