馬英九基金會近日邀請40名中國師生來台參訪，然復旦大學女學生宋思瑤接受媒體聯訪時，恭賀我方棒球奪冠，卻稱「中國台北隊」，用詞引發矮化台灣等爭議討論。對此，邱垂正今（4日）前往立法院備詢前受訪稱，「我們原本是推動對等尊嚴、健康有序的兩岸交流，在相互尊重的交流前提下，希望讓兩岸關係能注入一些善意，但是對於這起事件，我們感到非常遺憾。」
邱垂正表示，陸生團可能涉及違反陸籍人士來台許可辦法，在陸生團出發前，也有一個書面聲明內容，馬英九基金會可能未依照書面內容來遵守，將邀集相關主管機關依照許可辦法還有既有行政程序加上蒐集相關訊息後加以處理。對於陸生團涉及矮化台灣言論或原本承諾不發表活動外與活動無關的政治性言論與宣傳等作為，這個部分造成社會不安，對此深感遺憾，會依照既有機制進一步做行政處分。
卓榮泰下午受訪表示，「我們作為主人，當然歡迎客人到我們這裡來走走看看」，不過客人來到這裡也要尊重主人。倘若是透過年輕人無知或是刻意的行為，對主人的身分立場有所質疑，「我們也不應該上當、中計」。卓強調，未來兩岸在平等互惠的交流前提下，仍歡迎進行有效的各種交流及活動，但事前事後都要進行有效溝通與必要檢討，「這件事情，我認為我們有必要做檢討。」
