行政院發言人李慧芝表示，這是憲法賦予國人的參政權再一次實踐，表示台灣的民主歷程因公民的參與而有了新的紀錄，透露雖期間各地傳出零星違規事件，但整體選務工作仍然都能順利進行，「謝謝負責選務工作的中選會、各地選委會的選務人員，以及維護現場秩序的警察同仁」。
另外，總統府祕書長潘孟安稍早也在臉書發文表示，今天的結果，是一次集體學習民主的過程，而每一位站出來的公民，無論立場如何都讓我們的社會更加成熟。
潘孟安表示，期盼差異與歧見，不要成為撕裂台灣人民情感的利刃，認為選舉結束後，依舊要共同攜手走向明天，「讓我們一同攜手，讓民主的根扎得更深，讓台灣的未來走得更穩、更遠。」
事實上，民眾黨主席黃國昌稍早也做出回應，呼籲賴清德總統應該向全體人民道歉，並批卓榮泰內閣嚴重違反行政中立、濫用行政資源助攻大惡罷，應立即解散下台，全面改組，並呼籲扮演大惡罷關鍵角色的柯建銘，別再禍亂國會。
