判決指出，「龜鹿二仙膠」收載於固有典籍「中國醫學大辭典」，成分為「龜板、鹿角、枸杞、人參」等中藥材，屬於固有成方，由政府列為藥品管理，衛生福利部中醫藥官員也證稱，龜鹿二仙膠是指由龜板、鹿角、枸杞、人參所組成，在典籍上有龜板、鹿角組成就叫「龜鹿二仙膠」。
法官認為，若產品含有「龜板、鹿角、枸杞、人參」或「龜板、鹿角、枸杞、黨參」或「鹿膠、龜膠」成分，應屬固有成方的「龜鹿二仙膠」，屬藥事法第6條第1款所規定的藥品，若未經許可而造，即屬偽藥，而莊守豐等被告販售的「膠仙膠」，成分除含有龜板、鹿角及枸杞外，尚含有其他種中藥材，但並未驗出有何可視為藥品成分的其他藥材成分，最多僅能認為膠仙膠含有龜板、鹿角、枸杞及其他中藥材成分，至於含有哪些中藥材均不得而知，因此無法將膠仙膠視為藥品。
判決指出，我國傳統民情，以藥膳保健養生的觀念已融入日常生活飲食習慣中，因此政府已公告「可同時提供食品使用之中藥材」，如紅棗、龍眼肉及 枸杞子等雖為藥品本質，但若供一般飲食特別補充即視為食品，膠仙膠是否為未經許可而生產的「偽藥」，應特別注意「藥食同源」的現實，因此判被告無罪。
檢方認為，不論食品、藥品，凡食用過量即可能造成身體健康的危害，本案「膠仙膠」內含有中藥材，其中各藥材、食材等物比率為何？有無某項藥材或食材成分過量或成分彼此間有性質「相反」、「相剋」的效果？均不得而知，且國人洗腎比率世界第一，亂服電台來歷不明藥物，也是原因之一，政府才以「食」、「健食」、「藥」等字號加以審核、管理，以保護國人健康。
檢方指出，法院不該縱容、鼓勵不肖商人，逃避政府對藥品的管理，而不予處罰，本案中的「膠仙膠」本質上是「龜鹿二仙膠」，但被告換個名稱，實際上係換湯不換藥，法院只要直接函詢食藥署，問「膠仙膠」、「龜鹿二仙膠」究竟係食品或係藥品即可得知，法官不宜擅自掰理由，認定膠仙膠為食品而判無罪，因此上訴要求改判有罪。
