《學校衛生法》修法最大爭議點在於，在野黨希望明訂含瘦肉精肉品禁止進入校園，民進黨則主張透過行政契約規範，無須入法。中午約11時20分左右處理關鍵條文，也就是第23條，最後表決結果是60人贊成、45人反對、1人棄權，通過民進黨團修正動議，也就是維持現行條文不變。全案在中午11時40分三讀完成。
在法案廣泛討論時，民進黨立委張廖萬堅說，依《學生衛生法》訂定契約範本，內容包括食材管理，也有相關罰則，已能有效落實學校供餐管理。且8月28日政府宣布開放當天教育部就發函要求各級學校一律使用國產肉品，也已提高營養午餐獎勵費用，11月13日已公布契約修正範本，明訂營養午餐一律使用國產優良肉品，昨天全國各縣市各級學校已全面換約，呼籲在野黨立委一同守護孩童健康，不要潑髒水。
民進黨立委黃國書也說，不需要入法禁止，用行政措施就可守護校園食安，呼籲國民黨不要用萊豬議題獲取政治利益，傷害國家利益。民進黨立委吳思瑤則嗆，2012年開放美牛的時候，國民黨立委哪一個提出《學校衛生法》修法？引發現場藍委反彈。
國民黨立委萬美玲呼籲，執政黨立委應一起為孩子食安把關，今天這一票非常重要，歷史會紀錄這一刻，希望大家不要成為讓孩子吃到萊克多巴胺的「萊委」。國民黨立委李德維也質疑：「是契約效力強？還是法律效力強？像話嗎？」
時代力量立委邱顯智表示，民事契約如果有狀況，也只能金錢賠償，「能為孩童健康把關嗎？能不讓萊豬進入校園嗎？」所以時力主張應入法明訂。民眾黨立委高虹安說，教育部長潘文忠發函要求各級學校使用國產肉品時被讚許是最有擔當的部長，但當在野黨提出修法，教育部卻反對入法，只想用函釋、行政契約範本規範，這樣是不夠的。
民進黨團在院會前舉行黨團會議，總召柯建銘會前受訪時表示，民進黨團將「勇於發言、勇於辯護、記名表決、直球對決」。
今天民進黨團會議決議所有表決，黨團立委要一致投票，據轉述，有立委提議應對跑票者祭出黨紀處分，柯建銘先是回應說，要看這些立委的良心，畢竟支持者都會看。由於有立委強烈要求應賞罰分明，因此最後這項提議被列入會議紀錄。對跑票者是否祭出黨紀，民進黨團幹事長鄭運鵬說，黨團有做出一致投票決議，也有處理跑票的相關規範，會由紀律小組處理。
