本刊調查，蘇怡寧和家人失和，起源是他與父親蘇忠正的200萬元投資款爭議。2012年蘇怡寧離開台大醫院，創立慧智基因公司與禾馨婦產科診所，2013年蘇向父親拿了200萬元，蘇父認為，這筆錢是入股慧智基因的股款，但蘇怡寧則認為這是父子間的借貸款項；後來慧智公司順利上櫃，2018年還創下155元高價，父子間對這200萬元各有主張，讓原本親密的父子情開始出現裂痕。
知情人士指出，蘇怡寧創設的禾馨及慧智公司，妻子的娘家不僅成為主要掌權者，還將販售婦幼用品的「娃娃城」體系依附在公司底下，反觀蘇家親友向蘇父表達想在慧智公司股票上櫃前認股，卻難以如願，連蘇父多年前給兒子的200萬元也分不到股票，父子間的心結於是愈結愈深。
蘇父指出，當他自己在台塑集團創辦人王永慶身邊做事，王永慶曾教導他，開公司有3件事情要抓在手上，分別是財務、採購與人事，他把這句話告訴兒子，因為如果沒有這3項，董事長就是空的，將來還有可能惹官司，不料，最後兒子的事業全由媳婦家族主控。
蘇父曾向兒子說，公司要分散股權，希望給他一部分，因為他要還人情，欲讓親友認股，但都未獲回應，直到慧智上櫃前，長媳打電話來說開放認股50張增資股，每股22元。蘇父當時認為之前200萬元的原始股還沒拿到，於是叫次媳認這50張，不料過了2天，長媳又說不一定會上櫃，要以每股45元的價格買回這50張，一週後卻如期上櫃，股價還漲破百元，讓他非常生氣，「長媳竟只讓我們賺33元差價。」
蘇父向本刊表示，父子正式決裂，是2017年農曆春節前夕，當時蘇怡寧帶妻兒飛往杜拜旅行，蘇父接到兒子委任律師的電話，說要還之前向他借的200萬元款項，請蘇父提供帳號，農曆年將近，要還錢讓他好過年，蘇父說：「心很痛！」，要律師轉告兒子，法庭上見。
蘇父表示，他會這樣告訴兒子的律師，不單是因為那200萬元，而是原則問題，這是基本孝道的問題，未料一過完年，蘇怡寧就先發制人，委請律師發存證信函給父親，信中提到要還他200萬元借款，並強調為了報答父母的養育之恩，要加匯100萬元，如果父不在7日內提供銀行帳號收款，他們就會採取後續的法律行動。
看到存證信函，蘇父說簡直快吐血，因為信中蘇怡寧不再叫他父親，而是以「蘇忠正先生」稱之，不僅無禮，更是侮辱。更絕的是，蘇怡寧後來直接把300萬元提存台北地院，要老父帶身分證及印章去法院領錢。
