孔繁錦被控性侵及性騷擾2名女病患，去年被新北地檢署依強制性交等罪起訴。對此，去年12月孔曾對外表示，事後感到後悔，但因過於害怕，才未在第一時間坦承，除了承認自己有錯，也自認糊塗，但強調未性侵女病患。只是，時隔不到一個月後，孔又因性騷擾另名女病患，遭到台北地檢署起訴。
女病患表示，去年因受疫情影響害她失業，導致精神焦慮，於是前往孔繁錦的診所看診，事後孔傳訊息給她表示要到府拜訪，女子以為孔是為了追蹤病情，才讓孔進到屋內，沒想到孔卻伺機熊抱她，強吻她的臉部及脖子，事後還跟女子討信封袋，並塞了6千元進信封袋後給她。
女病患感到被孔羞辱，找上孔男理論，也因此病情加重，讓她氣不過決定提告，要孔為自己的行為付出代價。
對此，孔男表示，當天他是以私人名義前往女病患住所，與看診無關，因誤以為女病患對他有好感，加上2人相談甚歡，才會一時情不自禁擁抱及親吻女病患。對於自己事後塞6千元給對方，孔則解釋，是他見女病患在疫情期間失業，才會想幫助她，並無其他意圖，但孔最後仍被台北地檢署依《性騷擾防治法》起訴。
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