身兼國防部長的中科院董事長邱國正獲悉不肖廠商的惡劣行徑後相當震怒，也很支持中科院興革，加上院長張忠誠上任後，對於防弊措施也格外重視，找來軍事安全總隊背景出身的同仁負責查核院內標案，並指示同仁積極配合檢調揪出不法，提供相關招標文件以供比對。
為了自清，中科院立即向調查局桃園市調處提告，調查局隨即報請桃園地檢署指揮偵辦，由檢調聯手揪出陳氏父子利用狸貓換太子的手法，以中國製劣質電子零組件冒充正品矇騙中科院，不法獲利逾億元的重大軍購弊案。
專案小組與中科院聯手揪出不肖廠商，檢調為此曾3度執行搜索任務，調查局更在陳清茂次子從加拿大回台時，身著防護衣至隔離的防疫旅館房間搜索，共查扣陳家名下2,700萬元現金、桃園大吾疆豪宅及龍潭豪華農舍，且發現陳家在美、加地區和中國都有置產，桃檢先在今年1月將陳氏父子與他的2個兒子及公司女會計，以詐欺等罪起訴，陳清茂因涉案情節重大遭求刑8年，法官裁定延押至今。
雖然陳氏父子參與的武器標案並非核心系統，但相關軍火零組件不容出差錯，否則中科院研發再精準的飛彈，若無法及時射出或引爆也是枉然，尤其中科院研發飛彈能力聞名全球，台灣防空飛彈密度更高居世界第二，僅次於以色列，被國際軍武圈形容宛如刺蝟般的飛彈島，就是為保障台海安全，絕不容少數的老鼠屎壞了國家安全大局。
