中科院從2014年轉型為行政法人後，該院為因應轉型後採購不適用政府採購法，因此自訂相關採購作業規定，以指商採購為主，公告招標為輔方式辦理採購，指商採購比率高達70％，受外界質疑、詬病。
到了2020年4月，張忠誠上任中科院院長後，為防堵弊端、廣徵商源，研修採購作業規定，嚴格限制指商採購的條件，因此公告招標比率由30%大幅增加至去年的70％，指商採購則由70％降低至30％。
中科院為能兼顧國防武器研發及資訊安全，在進行各項裝備採購時，均嚴格禁止陸資與陸製品，並於開標前辦理陸資背景查核，投標時要求廠商供料件產地，需執行功能驗證（POC）者，於通過後拆機確認有無陸製品，避免廠商以中製劣質品混充交貨機會。
決標後執行製程查核及履約督導時，加強採購品項進料來源審查；驗收時拆解裝備確認無陸製品，交軍前完成全系統資安檢測等防範措施，如經查確有使用陸資或陸製品等情事，即辦理解除契約、沒收履約保證金，好讓三軍部隊武器裝備用的安心、放心。
此外，為因應特別條例通過，國防部納入政府採購法及國防產業發展條例等法規要求與作法，策頒「執行海空戰力提升計畫一定金額以上採購辦法」，中科院據以完成採購作業相關配套修定，俾利特別預算各專案賡續加速辦理採購籌獲作業。
中科院現已依據「國防產業發展條例」「執行海空戰力提升計畫一定金額以上採購辦法」，主動檢討國內廠商具有研發、產製及維修能力品項，現已優先針對次系統及關鍵模組提列列管軍品清單，以落實振興國防產業；假如國內沒有產製，必須向國外採購者，中科院已建立原廠證明文件反向查證機制外，避免不肖廠商以中製劣質品或贗品交貨，進而影響國家安全。
另為提高國人對國防採購信任暨增加採購資訊透明度，中科院除涉及國家機密或機敏工項之採購外，其相關採購資訊，已參考行政院公共工程委員會政府電子採購網，予以公告、公開。
中科院採購資訊網也於去年10月1日架接行政院政府採購網行政法人專區，有利於廠商查詢採購相關資訊，中科院將保持組織自主性與營運績效間，找出最佳平衡點，同時在國會及國防部監督下，持續推動國防武器自主研發，以有效支援國軍建軍備戰任務，不負國人的託付與期待。
此外，為符合國防部要求規範，中科院訂定更嚴謹的「採購利益迴避與衝突禁止及請託關說事件處理作業規定」，要求全體員工對於與採購有關事項，涉及本人、配偶、二親等以內親屬，或共同生活家屬利益時，均應行迴避。
尤其是擔任中科院一、二、三級正副主管與從事採購、監辦人員（督察及財務人員）併其配偶、二親等以內親屬、共同生活之家屬，有擔任廠商之負責人、董事、獨立董事、監察人、採購人員、經理人或相類似職務者，禁止該廠商參與中科院採購案。
更嚴謹的是，中科院把離職人員也納入管制名單，針對離職未滿3年人員，且擔任廠商負責人、董事、獨立董事、監察人、採購人員、經理人或相類似職務，禁止該廠商參與渠離職前5年內職務有關採購案件納入規範，後續藉「訪商查弊」及「內部勾稽比對作業」賡續落實查察，以確保人員辦理採購案件時，均能廉潔自持並確遵公平、公開採購原則，防止不當利益輸送事件。
